实现物料冻干全流程自动化，关键在于控制系统的创新性研发。未来-X17真空冷冻干燥机采用北京四环冻干独立研发设计的软件系统。该系统符合FDA 21CFR PART II电子签名、电子记录的要求；符合GMP欧盟标准；可任意切换手动控制和自动控制两种模式、具备三级权限。
该系统数据记录功能强大，冻干流程中的所有电子数据均可被记录、查询、打印。这些数据包含但不限于冻干曲线、配方、运行数据报表、审计追踪报表、报警信息、自动冻干报表。记录的信息要素至少包含时间、批号、操作人员名称或编号。除这些基本数据类目之外，四环冻干还可提供软件系统定制服务，以满足不同客户的独特需求。
设备运行数据均可存储，不可修改或删除，确保冻干数据的真实性。且数据可导出备份及恢复，支持批量导出。导出的数据不可修改，且打印文件清晰，可读性更强。
此外，四环冻干控制系统采用德国西门子PLC、西门子12寸触摸屏，其数据存储空间达128G，支持扩展。具备数据云端储存功能，冻干数据上传云端，实现团队内部信息共享，可突破时间、空间限制，多地登入云端查阅下载。
本机升级配置了自检功能，在设备启动后，系统会自动运行自检程序，确保制冷系统、真空系统、控制系统、循环系统运行正常，以保证冻干顺利流畅进行。
根据冻干工艺设定各项冻干参数后，启动自动控制模式，电动控制的冻干舱门自动开启，协作机器人自动放入物料，放置完成后，冻干舱门自动关闭，开始运行自动冻干程序。控制系统具有压力升测试和冻干终点判断的功能，冻干终点的判断通过第二次压力升测试数值与露点仪数值综合确定。完成冻干后，停止运行冻干工艺，搁板自下而上进行西林瓶自动压塞。压塞结束后复位，开启自动负压回填程序，真空数值与外界平压后断开电磁门锁，冻干舱门自动开启，协作机器人取出物料。物料全部取出，冻干舱门自动关闭，设备自行停止运行。
四环冻干具备UPS电源，在停电状态下可确保控制系统供电20分钟，避免数据丢失。同时可设置样品安全时间，安全时间内通电，设备自动重启，冻干程序继续进行；超过安全时间或冷阱温度高于真空泵启动设定温度时，设备进入安全模式，以保护样品。
未来-X17冻干舱门具备自动开关的功能，通过程序控制自动开合，便于对接协作机器人实现无人操作。选配在线取样装置，四环冻干机在冻干过程中，可在不停止冻干程序的情况下，通过在线取样装置取出样品，检测样品的含水量，以判断其含水量是否符合要求。
冻干舱搁板控温范围可达-81℃~70℃，冷阱极限温度可达-110℃。-81℃的搁板温度可满足不同物料的预冻，且升降温可控，控温精度在±1℃；-110℃的冷阱温度可有效捕捉物料水分及不同浓度的有机溶剂，有效的保护了真空泵免受腐蚀。
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